Examplepictures of DNA-Structures

                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  

Restriction Enzymes for Genomic DNA Digestions for Southern Blots
name of the enzymesequenceTop OffsetBottom Offsetused successfully for southerns alreadycut inhibited if ending C is methylatedmethylation unsensitiv isochizomers (commercially available)
 

AflII

 
 

CTTAAG

 
 

1

 
 

5

 
 

 

 
 

 

 
 

 

 
 

AseI

 
 

ATTAAT

 
 

2

 
 

4

 
 

 

 
 

 

 
 

 

 
 

AvrII

 
 

CCTAGG

 
 

1

 
 

5

 
 

 

 
 

 

 
 

 

 
 

BamHI

 
 

GGATCC

 
 

1

 
 

5

 
 

y

 
 

y

 
 

-

 
 

BclI

 
 

TGATCA

 
 

1

 
 

5

 
 

y

 
 

 

 
 

 

 
 

BglI

 
 

GCCNNNNNGGC

 
 

7

 
 

4

 
 

y

 
 

y

 
 

-

 
 

BglII

 
 

AGATCT

 
 

1

 
 

5

 
 

 

 
 

 

 
 

 

 
 

BsrGI

 
 

TGTACA

 
 

1

 
 

5

 
 

 

 
 

 

 
 

 

 
 

BstEII

 
 

GGTNACC

 
 

1

 
 

6

 
 

 

 
 

 

 
 

 

 
 

BstYI

 
 

RGATCY

 
 

1

 
 

5

 
 

 

 
 

 

 
 

 

 
 

Bsu36I

 
 

CCTNAGG

 
 

2

 
 

5

 
 

y

 
 

 

 
 

 

 
 

DraI

 
 

TTTAAA

 
 

3

 
 

3

 
 

 

 
 

 

 
 

 

 
 

DsaI

 
 

CCRYGG

 
 

1

 
 

5

 
 

 

 
 

 

 
 

 

 
 

EcoNI

 
 

CCTNNNNNAGG

 
 

5

 
 

6

 
 

 

 
 

 

 
 

 

 
 

EcoRI

 
 

GAATTC

 
 

1

 
 

5

 
 

y

 
 

y

 
 

-

 
 

EcoRV

 
 

GATATC

 
 

3

 
 

3

 
 

y

 

y

 
 

Eco32I

 
 

HindIII

 
 

AAGCTT

 
 

1

 
 

5

 
 

y

 
 

 

 
 

 

 
 

KpnI

 
 

GGTACC

 
 

5

 
 

1

 
 

y

 

y

 

 

 
 

MscI

 
 

TGGCCA

 
 

3

 
 

3

 
 

 

 
 

 

 
 

 

 
 

MunI/MfeI

 
 

CAATTG

 
 

1

 
 

5

 
 

 y

 
 

 

 
 

 

 
 

NcoI

 
 

CCATGG

 
 

1

 
 

5

 
 

y

 
 

 

 
 

 

 
 

NdeI

 
 

CATATG

 
 

2

 
 

4

 
 

y

 
 

 

 
 

 

 
 

NheI

 
 

GCTAGC

 
 

1

 
 

5

 
 

y

 
 

y

 
 

BmtI

 
 

PacI

 
 

TTAATTAA

 
 

5

 
 

3

 
 

y

 
 

 

 
 

 

 
PseICGGNCCy
 

PstI

 
 

CTGCAG

 
 

5

 
 

1

 
 

y

 
 

 

 
 

 

 
 

PvuII

 
 

CAGCTG

 
 

3

 
 

3

 
 

y

 
 

 

 
 

 

 
 

SacI

 
 

GAGCTC

 
 

5

 
 

1

 
 

 y

 
 

 

 y
 

 

 
 

SbfI

 
 

CCTGCAGG

 
 

6

 
 

2

 
 

y

 
 

 

 
 

 

 
 

ScaI

 
 

AGTACT

 
 

3

 
 

3

 
 

 

 
 

 

 
 

 

 
 

SpeI

 
 

ACTAGT

 
 

1

 
 

5

 
 

y

 
 

 

 
 

 

 
 

SphI

 
 

GCATGC

 
 

5

 
 

1

 
 

y

 
 

 y

 
 

 

 
SstICGAGCTCy
 

StuI

 
 

AGGCCT

 
 

3

 
 

3

 
 

 

 
 

 

 
 

 

 
 

XbaI

 
 

TCTAGA

 
 

1

 
 

5

 
 

y

 
 

 

 
 

 

 
 

XmnI

 
 

GAANNNNTTC

 
 

5

 
 

5

 
 

 y

 
 y

 

 
 

 

 
BAC library features
Clone name RP11 RP5 RP23 RP24 CH29 CH242 bMQ
alternative name RPCI-11 RPCI-5 RPCI-23 RPCI-24 CHORI-29 NOD/LtJ pigBAC Sanger clones B
species human human mouse mouse mouse Sus scrofa mouse
gender male mal female male male
strain C57BL/6J C57BL/6J NOD/LtJ AB2.2 (129S7/SvEvBrd-Hprtb-m2)
sample blood blood kidney, brain spleen, brain ES cell DNA
cut with EcoRI MboI EcoRI MboI EcoRI MboI Sau3AI, BamHI
ligated into pBACe3.6 pCYCPAC2 pBACe3.6 pTARBAC1 pTARBAC2.1 pTARBAC1.3 pBACe3.6
vector precut with EcoRI BamHI EcoRI BamHI EcoRI BamHI BamHI
selection marker CM KAN CM CM CM CM CM

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